Resumen: Poco se ha estudiado acerca de la composición de la microbiota intestinal en poblaciones silvestres de monos del Nuevo Mundo. En México existen tres especies de primates silvestres, el mono araña (Ateles geoffroyi), el mono aullador de manto (Alouatta palliata) y el mono aullador negro (A. pigra), donde se ha descrito que estas últimas presentan poblaciones híbridas en su zona de simpatría. Particularmente, los monos aulladores han servido de modelo para el estudio de la microbiota intestinal en primates neotropicales. Su microbiota varía naturalmente y parece estar influenciado sobre todo por la edad del hospedero, dieta y estacionalidad. Existe en la literatura cierta información de poblaciones silvestres del mono aullador negro en México, sin embargo, corresponde a solo a una pequeña parte de su distribución geográfica. Por otro lado, no hay información de la microbiota intestinal de poblaciones silvestres mexicanas del mono aullador de manto ni de los aulladores híbridos, y tampoco se ha referido información de poblaciones silvestres del mono araña. En el presente estudio evaluamos la diversidad y abundancia de las comunidades de bacterias del intestino de 40 individuos de poblaciones silvestres de estas tres especies a lo largo de su distribución en el país, incluyendo poblaciones con individuos híbridos. Extrajimos ADN de muestras fecales y amplificamos y analizamos la región V4 del rRNA 16S. Los resultados sugieren que la filogenia del hospedero es el principal factor en la estructura de la microbiota intestinal de estas especies, aunque la dieta y la distribución geográfica también fueron importantes. Los Phyla más abundantes se comparten entre las especies, pero se diferencian a escalas taxonómicas inferiores. Ateles geoffroyi presenta comunidades bacterianas estadísticamente diferentes a las otras especies, con una mayor cantidad de taxa raros. Alouatta palliata tiene mayor diversidad que A. pigra con diferencias significativas entre ellos. Los híbridos presentaron una diversidad intermedia entre las especies parentales, con mayor similitud a A. pigra y con presencia de taxa únicos. Finalmente, los patrones de abundancia y diversidad por especie son consistentes con su dieta. Nuestro estudio es pionero en aportar datos de microbiota para estas tres especies de primates mexicanos, representando su distribución más norteña, e incluyendo individuos híbridos.